Fundado en 1936, el Museo Regional de Querétaro es el museo más antiguo e importante del estado y ocupa parte del antiguo convento franciscano, a un costado del Jardín Zenea. Operado por el INAH, sus salas permanentes recorren la historia queretana desde la época prehispánica y el virreinato hasta la Independencia y la República, y sus claustros son en sí mismos una joya del patrimonio de la ciudad. Además de las exposiciones temporales, el museo organiza conferencias, conciertos y visitas guiadas con previa cita. Abre de martes a domingo y los domingos la entrada es libre para público nacional.

El MAQRO abrió en 1988 en el antiguo Claustro de San Agustín, un edificio del siglo XVIII cuyo patio barroco, poblado de figuras talladas en cantera, está considerado entre los más bellos de Latinoamérica. Sus salas reúnen obras que van del siglo XVII al XIX, con énfasis en la pintura novohispana, y se complementan con exposiciones temporales de arte moderno y contemporáneo. Forma parte de la Secretaría de Cultura del Estado de Querétaro, la entrada es gratuita y abre de martes a domingo. Es una parada obligada al recorrer la calle Allende en el Centro Histórico.

Sobre el andador 5 de Mayo, a unos pasos de la Plaza de Armas, este museo cuenta cómo en Querétaro se fraguó la conspiración que desembocó en el inicio de la guerra de Independencia en 1810. A través de salas temáticas y recursos interactivos, presenta a sus protagonistas, como Josefa Ortiz de Domínguez y Miguel Domínguez, y el contexto de las reuniones secretas que se celebraban en la ciudad. También recibe exposiciones temporales, como la muestra "Red Fotónica" presentada en 2026. La entrada es gratuita y abre de martes a domingo, ideal para entender la ciudad antes de recorrerla.

Abierto en 2003 en una sección del antiguo Convento de Capuchinas, este museo reúne documentos, fotografías, libros y objetos que narran el sitio de Querétaro, la captura y el fusilamiento de Maximiliano de Habsburgo y la restauración de la República encabezada por Benito Juárez. El edificio, que fue cuartel y última prisión del emperador, conserva decorados originales descubiertos durante su restauración. En sus seis salas permanentes destacan el Escudo Nacional Republicano de 1873 y un plano de la ciudad de 1796. La entrada es gratuita y abre de martes a domingo.

Desde 1997, el ex convento de San José de Gracia de Religiosas Capuchinas alberga el Museo de la Ciudad, un centro cultural dedicado a divulgar el arte contemporáneo. Sus 22 salas de exposición temporal reciben pintura, fotografía, escultura, instalación y performance, con especial apertura a nuevos talentos y propuestas comunitarias. El recinto también es escenario de obras de teatro, danza, recitales y talleres, por lo que siempre hay algo distinto que ver. La entrada es libre y abre de martes a domingo a partir del mediodía, ideal para una visita por la tarde en el Centro Histórico.

En la esquina de Manuel Acuña y Avenida Reforma, el MACQ es el espacio de referencia para el arte contemporáneo en Querétaro. Su programa renueva exposiciones varias veces al año con artistas locales, nacionales e internacionales, en disciplinas que van de la pintura y la escultura a la instalación y los nuevos medios; a finales de septiembre de 2026 inauguró cuatro muestras nuevas. La entrada es gratuita y abre de martes a domingo, así que es fácil sumarlo a un recorrido a pie por el Centro Histórico.

En una casona restaurada del Centro Histórico, el MUCAL abrió en 2015 como el primer museo del mundo dedicado al calendario y a la forma en que las culturas han medido el tiempo. Su colección reúne miles de calendarios desde principios del siglo XIX, la primera réplica de la Piedra del Sol tallada en madera y una gran galería de Jesús de la Helguera, autor de algunas de las imágenes más queridas del calendario mexicano. Un museo de sitio muestra piezas halladas en el inmueble, que fue fábrica textil, y su café en el jardín invita a quedarse. Abre de martes a domingo.

Sobre la calle Independencia, en pleno Centro Histórico, esta casona virreinal funciona como casa-museo y conserva mobiliario y objetos de época que recrean la vida doméstica de otros siglos en Querétaro. Pero lo que atrae a muchos visitantes es su leyenda: la historia de la Zacatecana, una de las más contadas en la ciudad, que forma parte del recorrido. Es un museo privado de visita ágil, ideal para quienes disfrutan las casas históricas y las historias de misterio. Abre todos los días excepto el 1 de enero y el 25 de diciembre, y tiene descuentos para niños, estudiantes, maestros y adultos mayores.